Nadleśnictwo Pisz  informuje, że aż 95% jego powierzchni objęte jest różnymi formami ochrony przyrody. Warto podkreślić, że obecność licznych form ochrony przyrody nie oznacza całkowitego wyłączenia terenu z gospodarki leśnej.  W przypadku większości z nich, takich jak Parki Krajobrazowe, Obszary Natura 2000 czy Obszary Chronionego Krajobrazu, prowadzenie zrównoważonej gospodarki leśnej jest możliwe. Wymaga to jednak ścisłego dostosowania działań do określonych wymogów i celów ochrony, z naciskiem na minimalizowanie ingerencji i zachowanie cennych siedlisk.

Zgodnie z obowiązującymi przepisami, na terenie Nadleśnictwa Pisz wyróżniamy następujące formy ochrony:

1. Rezerwaty Przyrody

Są to obszary zachowane w stanie naturalnym lub mało zmienionym, chroniące cenne ekosystemy. Na terenie nadleśnictwa znajdują się dwa takie obszary:

• Rezerwat przyrody Jezioro Nidzkie – obejmujący 205,18 ha.
• Rezerwat przyrody Jezioro Pogubie Wielkie – o powierzchni 20,93 ha.

2. Park Krajobrazowy

Parki Krajobrazowe chronią obszary ze względu na ich wartości przyrodnicze, historyczne i kulturowe, mając na celu utrzymanie równowagi ekologicznej.

• Mazurski Park Krajobrazowy zajmuje w granicach Nadleśnictwa Pisz obszar 4 925,47 ha.

3. Obszary Chronionego Krajobrazu (OChK)

Tworzone dla zachowania wyróżniających się krajobrazów o zróżnicowanych ekosystemach. Pełnią funkcję korytarzy ekologicznych. W Nadleśnictwie Pisz obejmują one:

• Obszar Chronionego Krajobrazu Puszczy i Jezior Piskich – 13 596,26 ha.
• Obszar Chronionego Krajobrazu Otuliny Mazurskiego Parku Krajobrazowego – Szeroki Bór – 598,12 ha.
• Obszar Chronionego Krajobrazu Otuliny Mazurskiego Parku Krajobrazowego – Wschód – 1 270,93 ha.

4. Obszary Natura 2000

To europejska sieć obszarów chronionych, ustanowiona w celu zachowania zagrożonych gatunków i siedlisk przyrodniczych o znaczeniu europejskim. W Nadleśnictwie Pisz są to:

• PLB200008 – Puszcza Piska (Specjalny Obszar Ochrony Ptaków) – obejmuje 28 248,14 ha, co stanowi około 80% powierzchni nadleśnictwa.
• PLH280048 – Ostoja Piska (Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura) – 5 478,10 ha.

5. Pomniki Przyrody

Pomniki przyrody to pojedyncze twory przyrody ożywionej i nieożywionej, wyróżniające się szczególną wartością przyrodniczą, naukową, kulturową, historyczną lub krajobrazową.

• Na gruncie Nadleśnictwa Pisz znajduje się łącznie 12 pomników przyrody: 5 pojedynczych drzew, 6 grup drzew oraz 1 aleja dębów szypułkowych (12 szt.). Łącznie pomników wchodzi 31 pojedynczych drzew.

6. Użytek Ekologiczny

Są to niewielkie obszary cenne ze względu na występowanie rzadkich, chronionych lub zagrożonych gatunków roślin i zwierząt.

• W nadleśnictwie utworzono użytek ekologiczny pod nazwą „Wyspy na jeziorach województwa warmińsko-mazurskiego” o powierzchni 6,83 ha, w skład którego wchodzą wyspy: Kępa oraz Czarcia położone na jeziorze Śniardwy.

7. Ochrona Gatunkowa Roślin, Zwierząt i Grzybów

Polega na ochronie rzadkich i zagrożonych gatunków na całym terenie ich występowania.

• Nadleśnictwo Pisz wyznaczyło 27 stref ochrony całorocznej i okresowej (o łącznej powierzchni 1 280 ha) dla stanowisk ptaków drapieżnych (bielika, orlika krzykliwego, kani czarnej, kani rudej, rybołowa) oraz innych cennych gatunków, takich jak bocian czarny. 
• Nadleśnictwo ewidencjonuje występowanie cennych gatunków roślin. Do najcenniejszych roślin występujących na terenie Nadleśnictwa Pisz należą między innymi lipiennik Loesela, rosiczka okrągłolistna, wawrzynek wilczełyko, kukułka plamista, kukułka szerokolistna, widłak jałowcowaty.