Obecny stan sanitarny lasów Nadleśnictwa Pisz jest wynikiem prowadzonej od stuleci działalności gospodarczej człowieka.

Występujące na tych terenach obszary monokultur sosnowych, duże powierzchnie zalesionych  gruntów porolnych, jak również niekorzystne (zwłaszcza w ostatnich latach) warunki klimatyczne, przyczyniły się do obniżenia kondycji zdrowotnej drzewostanów nadleśnictwa. Poniżej świerki zaatakowane przez kornika drukarza. Owady, w kolejnych pokoleniach, przenoszą się na pobliskie drzewa, tworząc po pewnym czasie tzw gniazdo kornikowe.

W efekcie lasy Nadleśnictwa Pisz są często nękane przez populacje owadów, grzyby korzeniowe (sytuacja ta występuje zwłaszcza na gruntach porolnych) oraz wiatrołomy. Nie bez znaczenia jest również masowa penetracja lasów przez turystów. Wymienione czynniki powodują powstawanie w lasach  zagrożeń, z których największe to: gradacje (masowe pojawianie się owadów szkodliwych), pożary lasów oraz zaśmiecanie środowiska. Do najgroźniejszych owadów stanowiących istotne zagrożenie dla lasów w Nadleśnictwie Pisz należą: boreczniki, strzygonia choinówka, brudnica mniszka, korniki, szeliniak sosnowiec oraz przypłaszczek granatek. Ze względu na masowe występowanie tych gatunków Nadleśnictwo Pisz, w latach 1994-2001 przeprowadziło akcje rozrzedzania populacji owadów - zdjęcie poniżej.

   
Zwiększając naturalną odporność drzewostanów na działanie szkodliwych czynników Nadleśnictwo Pisz wprowadza podszyty w drzewostanach, zakłada i pielęgnuje remizy dla ptaków i wykonuje inne zabiegi przewidziane instrukcją ochrony lasu.
Na przeważającym obszarze Obrębu Dłutowo rosną lasy posadzone na dawnych gruntach rolnych. Największe zagrożenie takich lasów stanowi grzyb, atakujący korzenie drzew o nazwie huba korzeniowa. Profilaktyczne zabiegi stosowane przez Nadleśnictwo Pisz polegają na zabezpieczaniu pniaków specjalnym preparatem mającym za zadanie zapobieganie rozwojowi grzybni huby korzeniowej na pniaku.
Szczególnym zagrożeniem są przechodzące przez teren Nadleśnictwa Pisz - zwłaszcza w okresie letnim - huraganowe wiatry, które w latach 1999-2002 przyczyniły się do powstania wielu szkód w lasach. Huragan z dnia 4 lipca 2002r był największą tego typu klęską zarejestrowaną w Lasach Państwowych. W dniach 21-23 sierpnia 2007r przez obszar Nadleśnictwa Pisz oraz sąsiedniego Nadleśnictwa Maskulińskie przeszedł huraganowy wiatr nazwany "białym szkwałem". Spowodował on straty w drzewostanach Nadleśnictwa szacowane na ok. 100 tys. m3 drewna.
W Nadleśnictwie Pisz notuje się występowanie kilku pożarów rocznie. Bardzo duża penetracja terenów leśnych sprzyja ich powstawaniu. I mimo, że zabrzmi to jak truizm, ale w lesie należy zachować szczególną uwagę przy posługiwaniu się ogniem.

OGIEŃ W LESIE  WOLNO PALIĆ TYLKO W MIEJSCACH DO TEGO WYZNACZONYCH!!!

Ze względu na duże zagrożenie pożarowe, lasy Nadleśnictwa Pisz mogą być objęte okresowym zakazem wstępu do lasu. O zakazie wstępu do lasu informuje się w lokalnych mediach i na specjalnych tablicach ustawionych przy drogach wjazdowych do lasu. W ramach profilaktyki przeciwpożarowej Nadleśnictwo Pisz prowadzi specjalne dyżury przeciwpożarowe i monitoruje tereny leśne z dwóch wież obserwacyjnych (jedna ustawiona jest w miejscowości Szeroki Bór, drugą ustawiono w miejscowości Pogobie Średnie (obie są wyposażone w kamery przemysłowe). Puszcza Piska podzielona jest siecią pasów przeciwpożarowych  uzupełnioną punktami czerpania wody.
Bardzo dużym problemem jest zaśmiecanie lasów zwłaszcza przy drogach leśnych oraz w miejscach nasilonego ruchu turystycznego takich jak bindugi czy parkingi leśne.